Самый лучший выход — никого не сдавать, не показывать айтишнику, что вы в курсе проблемы, а между делом предложить руководству установить то же приложение отслеживания рабочего времени или аккуратно порекомендовать больше контролировать рабочие процессы, обязательно ссылаясь на то, что все конкуренты сейчас так делают. Тогда больше шансов, что программист воспримет ситуацию как внезапно возникшую досадную помеху, а не как результат военных действий против него.