Если сейчас с 1С работает бухгалтер, то, скорее всего, под 1С имеется в виду "1С:Бухгалтерия". Тогда конструкция "insales (потом перейдем на «Битрикс») → retailCRM → 1С (наверное нужна 1С 8) → какая-то складская система" выглядит необычно. Непонятно для чего ставить складскую систему последней в цепочке, а "1С:Бухгалтерию" - перед ней.
Обычно делают "insales → retailCRM → какая-то складская система → 1С:Бухгалтерия". То есть как сейчас работает у инициатора вопроса. Возможно, в текущей системе не хватает автоматического обмена данными между "Мой склад" и "1С:Бухгалтерией". Тогда менять "Мой склад" на "1С:Управление торговлей" имеет смысл только из-за более простой интеграции между "1С:Бухгалтерией" и "1С:Управлением торговлей".
Вообще, если бы в вопросе было больше деталей, то можно было посоветовать что-то конкретное. Потому что ситуация достаточно типовая.