Сегодня утром 23.09 я проснулась и получила сообщение, что папка Work, которая была расшарена коллегой по работе удалена. Удивилась, но такие сообщения иногда приходили от Яндекса (нужно сгенерировать новую ссылку) и не обратила внимание.
После переустановки Windows Яндекс Диск не синхронизирует существующие папки. Для решения проблемы поддержка предлагает "костыли".