Должны ли ИП с сотрудниками вести ВУ? Прямая трактовка говорит, что нет. Военкоматы говорят «Да, обязательно». Практика того, что под «организациями» понимается и ИП есть (115-ФЗ по мигрантам).

До 1 октября нужно подать по всем текущим сотрудникам, которые работают в компании и далее по ним отчитываться при каждом изменении.