У меня была аналогичная, но еще более дурацкая ситуация. Не помню, сити это был или яндекс, в истории поездок и обращений в поддержку быстро найти не смог . В общем ехал на жд вокзал, приложение показало цену в районе 400-500 рублей. При вызове каким-то непонятным образом адрес вокзала слетел и вместо него я вызвал такси от своего дома до..  своего дома)) 130 рублей. Ничего страшного. Но когда сел в такси, водитель спросил: нет ли ошибки в адресе назначения. Я поблагодарил его, что он заметил (знал бы я последствия, лучше бы заплатил 130 р и заново заказал бы...) и изменил точку назначения на нужную. И уже в пути заметил, что в приложении "тикает" счетчик и сумма поездки меняется. Водитель не знал что и почему, сказал: "приложение все само считает". 
Ну в общем так я и ехал, гадая, насколько же дороже выйдет поездка. В итоге вышло рублей на 300 дороже.
На мое обращение в поддержку ответили, что при изменении точки расчет идет по счетчику. Промокода не дали (да и не за что вроде).
Такие дела. Что тут можно сказать: внимательно проверяйте точки назначения и очень аккуратно их меняйте в пути, при повышенных коэффициентах поездка по счетчику может оказаться не дешевой.

P.S. в сочи кстати водители хитрят, ты вызываешь яндекс по фикс тарифу, а водитель едет в режиме "по счетчику" и поездка получается дороже. Там прям в ходу эта фишка (была в 2018, сейчас хз). Я не сразу заметил это, но потом предъявил за несколько поездкой в поддержку, дали несколько промокодов.