Зарплатный проект вообще не причем, обслуживающий банк ни в коем разе не выступает в нем в качестве налогового агента.
Значит в Альфу пишется претензия на бумаге на тему "объясните, что вы посчитали моим доходом и куда вы его в таком случае дели, так как я его не обнаружил". В пункте "требования" пишется "предоставить в ИФНС исправленную декларацию, уведомив меня посредством...". Эта претензия отдается в офисе Альфы, при этом обязательно себе оставить копию с присвоенным ими номером, штампом и датой получения.
Ну а дальше действовать в соответствии с полученным ответом.