Была схожая ситуация, давно являюсь клиентом ВТБ, но пользуюсь их услугами в последнее время крайне редко, была необходимость пополнить счет в ВТБ через банкомат, карта корректно считалась, операция по принятию налички в банкомат прошла успешно, даже чек выдал, только спустя несколько часов, когда зашла в личный онлайн-кабинет, денег я не увидела, в онлайн-чате описала проблему, тут же присвоили номер обращения (п.с. деньги в итоге зачислили). Как вариант, станьте их клиентом на время, никаких финансовых затрат не требуется, зато шансы вернуть деньги увеличиваются)