Важно: вы понимаете это не в последний день разработки, а заранее. И заранее связываетесь с клиентом и рассказываете ему о том, что есть несколько вариантов развития событий. Так, вы можете урезать какой-то функционал и сдать сайт в урезанным виде заказчику, зато в срок. Либо предоставить какие-то дополнительные плюшки, фунционал или, может быть, скидку на последующие услуги вашей компании.