Артем, спасибо за интересную статью!
На практике арбитражные суды не снижают ниже двукратной ставки рефинансирования.
На это есть ссылка в Пленуме.

Еще есть практика снижения, если неустойка от всей суммы договора.
Так вот, если в договоре предусмотрена этапность, и у ответчика нарушение срока по этапу, суды иногда идут на встречу и делают перерасчет не от всей суммы договора, а от стоимости этапа работ (если спор по договору подряда).
Со ссылкой, что не должна взыскиваться оплата за работы, выполненные в срок, это нарушает баланс интересов.
Это не имеет отношения к 333 ГК РФ, это другое. Можно использовать параллельно два аргумента.