Да автор пытается объяснить всё максимально простым языком и упрощает не только язык, но и понятия. Даже немного подменяя их.
ЭЦП или ЭП это результат подписания ключом электронного документа.
Но в народе для упрощения понимания и ключ и находящийся в нем сертификата ключа проверки, содержащий открытый ключ ключевой пары, стали именовать - ЭЦП.
Но флешку конечно - ЭЦП я не назвал бы точно ни при каких обстоятельствах. Это все же "носитель" ключа. ДА и сгенерировать можно в реестр или даже в специальную папочку так что флешка и не понадобиться.