Прикрепляю диаграмму того, как устроено MVC + L у нас. Такая схема позволяет размещать свои и сторонние библиотеки в общей папке модели. При желании свои библы можно скидывать на репу и затягивать композером. В том же опенкарте свои классы раскиданы по всему магазину. При желании конечно же можно и там все скидывать, но действий больше. В опенкарте на каждый раздел (admin, catalog, install) свои controller, view, model. У нас же все едино.