Крупнейшие акционеры компании — ПАО афк «Система» и инвестиционный фонд «Бэринг Восток», которым принадлежат 33,8% и 33,7% акций Ozon Holdings PLC соответственно. Ещё 4,1% акций находится в руках независимого директора компании Эммануэля Де Соуза. Прочим акционерам принадлежит 28,4% акций.