Почистить регистры накопления ведомости выплаты заработной платы вручную, если это крупное предприятие, нереально. Здесь нужна либо специальная обработка, которая корректно почистит сразу несколько регистров (выплаты зарплаты, расчета с налогоплательщиками, расчета с налоговыми агентами), либо свертка базы 1С, либо ввод остатков вручную, чтобы не потянулись долги прошлых лет.