Краткий смысл: если ваша компания работает с НДС, то при работе с недобросовестными поставщиками (в плане неуплаты налогов, отмывания денег) налоговая начинает «раскручивать цепочку» от того, кто не оплатил НДС, и если вдруг в конце цепочки ваша компания, могут придти и задать вопросы о том, как проводилась проверка поставщика при заключении договора. И если доказательств представлено не будет, НДС могут не возместить (будет интересно - могу скинуть конкретные суд. дела).