В текущей версии есть баг, что при открытом окне приложения, может быть повышенная загрузка ЦП. У вас открыто или закрыто окно приложения?
Вы давно пробовали? Работа над производительностью одна из основных наших задач.
CyberDuck другое приложение. CyberDuck это скорее браузер для Облаков, вы можете посмотреть что у вас в Облаке, скачать или загрузить контент. Но CyberDuck не подключит вам ваше облако как жесткий диск, а приложение Диск-О: как раз это и делает.
Есть ли ошибки синхронизации у этого подключения?
Какой сервис подключали?