Как и любой мегапроект, «Москва-Сити 2» сталкивается с рядом проблем, которые могут затруднить его реализацию. Главной проблемой является, пожалуй, длительность строительных работ. Большая часть объектов будет введена в эксплуатацию только через 10–15 лет, а в течение этого времени территория «Южного порта» будет оставаться строительным объектом.
Кроме того, на данный момент в продаже имеются лишь несколько объектов - ЖК «Level Южнопортовая» и ЖК «Portland». Эти комплексы должны стать первыми знаковыми проектами, но они составляют лишь небольшую часть от общего масштаба будущего развития. Строительство жилых и офисных зданий на этой территории займет много времени, а промежуточные результаты могут не оправдать высоких ожиданий.
Еще одним риском является тот факт, что по мере строительства район будет оставаться местом активных строительных работ, что может затруднить жизнь для тех, кто уже решил инвестировать в этот район.