Проверьте «начисление зарплаты и взносов» за период который соответствует периоду отражения удержанного НДФЛ, если нет соответствующих записей, то создайте их, проведите и повторите попытку синхрона. Периоды должны стать как нужно.
При синхронизации КА и ЗУП не заполняется период в отражении удержанного НДФЛ в бухучете