Пришлось переписать сборку. В результате теперь вместо одного большого файла у меня будет парочка сотен небольших. При этом нужно следить за последовательностью их подключения, переписать все страницы и т.д. Да, переписывать готовый проект очень сложно, и очень велика вероятность ошибки. Но на то мы и специалисты, чтобы делать всё качественно, не правда ли?