Важно понимать, что сервисы Yandex 360 и Yandex Cloud имеют разную техническую поддержку, условия оферты и сроки удаления пользовательских данных. Когда вы переезжаете с Трекером, это важно учитывать. Несмотря на единый бренд, вы же не будете жаловаться в поддержку Yandex Market, что в заказе из Лавки вам не тот хлеб положили? Вам следует понять, где в момент удаления находился ваш Трекер и уточнить у нужного сервиса причину отсутствия уведомлений.
Пока из вашего сообщения все-таки непонятно на каком уровне произошла проблема и чья поддержка отмалчивается.
Переезды между организациями редко бывают где-то гладкими. Ваша история похожа на какой-то краевой кейс, по которому не следует судить о качестве всех сервисов Яндекса.
Знаю людей, которые переехали без всяких проблем. К тому же если у вас Трекер внутри Облачной организации в Yandex Cloud, то вы могли оставаться тут. Переезжать было необязательно, можно продолжать использовать Трекер и оплачивать его с биллинг-аккаунта Облака.