Там причина скорее всего в том, что некоторые получатели коммунальных платежей имеют договор на приём оплаты в их пользу через какого-нибудь крупного поставщика платежей (Москлирингцентр, он же Элекснет, ФСГ "Город", РНКО "Платежный центр" и тому подобные). В этом случае, увидев в отсканированных реквизитах знакомый ИНН организации, банк проводит платёж через агрегатора платежей (и скорее всего получает небольшое вознаграждение как платёжный агент). И зачисление в этом случае может быть быстрым. Если среди известных посредников этот получатель не встречается, то платёж проводится как обычное платёжное поручение по полным реквизитам из QR-кода, и банк применяет все тарифные пункты, касающиеся перевода. Да, предупреждать клиента об этом (что оплата пройдёт как перевод и с комиссией) определённо нужно.

По комиссии вопросов нет, вопрос по процентам, т.к. один платеж из раздела для оплаты за коммунальные услуги прошел не как оплата за коммунальные услуги и не попал под условия льготного периода. Это как покушать за шведским столом, а на выходе узнать, что вон тот кексик стоил денег, на него условия не распространяются, включаем счетчик.