"Плохая коммуникация и передача эмоций. На расстоянии иногда сложно правильно понимать эмоции человека и в целом его характер" можно организовывать регулярные видео встречи.

"Физические задачи невыполнимы" думаю, для адекватного человека будет понятно на этапе рассмотрения вакансии, что какие-то задачи ему придется выполнять в том числе и с физическим присутствием и он понимает, что для этого ему надо будет приезжать куда-то. Не думаю, что есть проблема с том, что сотрудник основную массу задач делает удаленно, а для каких-то отдельных моментов - приезжает. 

"Разница во времени" странно, когда такое происходит после оформления, ведь на собеседовании всегда можно учесть этот риск и либо договориться с сотрудником о том, что работаете по конкретному времени (например по Екб и все вопросы решаются в рамках этого времени) или просто отказаться от рассмотрения кандидатур из конкретных регионов, с которыми разница во времени слишком большая и шанс подстроиться мал. 

" Если вы не используете таск-менеджер и программы отслеживания рабочего времени у вас есть высокий риск того, что сотрудник на удаленке будет совмещать несколько работ или халявить половину рабочего времени." а в чем именно риск? У сотрудника есть задачи, он их выполняет качественно и вовремя, на связи в рабочее время и своевременно реагирует на срочные вопросы, не все ли равно что он делает кроме выполнения задач?  Люди, которые находятся в офисе точно так же могут работать где-то еще, или просто сидеть в соцсетях весь день. 

Моё личное мнение, проблемы с удаленными сотрудниками не в формате работы, а в адаптации к нему. Если есть все нужные инструменты для удаленной коммуникации, есть понимание взаимодействия, есть грамотный подбор сотрудников- особой разницы не будет.