Когда Венецию завоевал Наполеон, сначала произошло разграбление картин, попавших в музеи Лувра (Париж) и Брера (Милан), а потом коллекции стали пополняться за счёт богатых коллекционеров, монастырей и церковных учреждений. Академия была переименована в монастырь Санта Мария делла Карита и получила статус Королевской, выполняя функции музея и школы. Было решено отказаться от идеи «универсального музея» в пользу истории местной живописи, благодаря чему в Галерее Академии представлена одна из самых важных коллекций венецианской школы живописи в мире.