Андрей, если нет автоматизации, у вас только один вариант - вручную соотнести все затраты, которые вы несете по клиентам к контретным сделкам. Это трудоемко, долго, больно, но зато вы увидите потенциал в таком учете и быстрее примете решение об автоматизации.
Мы регулярно проводим такую работу на базе заказчиков. Сажаем аналитиков и разбирает каждый процесс формирования данных и каждую статью затрат. Только после ручного разбора "массового безобразия" становиться понятным, что и как автоматизировать.