Кейс как мы в студии по разработке и продвижению сайтов REDBE выводили сайты из-под фильтра «Аффилат» поисковых систем.
Мне ваша логика захода в другие города не совсем понятна, почему не сделали на поддоменах/папках на главном сайте?
Отдельный домен лучше, в него можно сразу включать привязку к городу. Поддомен вполне возможно тоже попадёт скоро под санкции Яндекса, а Гугл и так их не очень любит.