Google прямо заявляет, что 404 не влияет на индексацию и ранжирование сайта. В справке Яндекса так же не говорится про вред 404 для SEO. Если резюмировать официальную информацию поисковиков и данные от представителей Google, то картина такая:
404 Not Found – значение для SEO, причины, поиск, устранение