Атол Онлайн - не единственная онлайн-касса, которая подключается к PayPal. На данный момент таких касс ещё как минимум пять. У них, кстати, чек пробивается в момент оплаты, задержек нет, конвертация валют автоматическая, также как и полный и частичный возврат, пробивать чек вручную не нужно.
На самом деле уже есть готовые решения по интеграции онлайн-касс (не только для Атол) и PayPal, которые позволяют автоматически пробивать чеки как в рублях, так и с конвертацией в рубли. Гугл поиск и Яндекс в помощь. А у Атол, к сожалению, транзакции в валюте пробиваются только вручную, возвраты не работают.
Открывайте корпоративный счёт PayPal на юр. лицо и принимайте оплату от физ.лиц (в том числе картами) абсолютно легально. На первое время самый простой и не затратный способ. В среднем комиссия составляет 5% в зависимости от валюты и страны.